QuantiFluor® RNA Select System

QuantiFluor® RNA Select System er et fluorescensbasert kit for nøyaktig kvantifisering av RNA i biologiske prøver. Kitet benytter et RNA-spesifikt fluorescensfargestoff i et enkelt "add-and-read"-format: bland inn fargestoffet, les av fluorescenssignalet. Det er ingen inkubasjonskrav eller kompliserte vasketrinn. Arbeidsløsningen er stabil i opptil én uke etter tilberedning og kan brukes til seriell prøvekjøring gjennom hele arbeidsuken.

Det dynamiske måleområdet strekker seg fra 16 til 1 000 ng total RNA per analyse (1,6–100 ng/µl prøveinnput), og dekker dermed behovet for de fleste RNA-sekvenseringsprotokoller uten at man trenger å velge mellom et sensitivt og et bredt-rekke-fargestoff. Konkurrerende løsninger krever typisk separate produkter for henholdsvis høy sensitivitet og bredt måleområde. Her er begge egenskapene samlet i ett fargestoff.

Fargestoffet er spesifikt for RNA og gir minimal fluorescens i nærvær av DNA. Dette sikrer pålitelig RNA-kvantifisering også i komplekse biologiske prøver der resterende genomisk DNA kan være til stede. Systemet er egnet for en rekke nedstrømsapplikasjoner: RNA-sekvensering, vurdering av in vitro-transkripsjonsutbytte, Northern blot-analyse, RNase-beskyttelsesanalyse, cDNA-bibliotekforberedelse og RT-PCR.

Kombinert sensitivitet og bredt måleområde i ett fargestoff

QuantiFluor® RNA Select System kombinerer høy sensitivitet og bredt måleområde i ett enkelt fargestoff. Konkurrerende leverandører krever at brukeren velger mellom separate produkter for henholdsvis høy sensitivitet og bredt måleområde. QuantiFluor® RNA Select System eliminerer dette valget og dekker behovet for de fleste RNA-sekvenseringsprotokoller uten å bytte kit.

Spesifisitet for RNA

QuantiFluor® RNA Select System kvantifiserer RNA spesifikt i komplekse biologiske prøver. RNA-spesifisiteten sikrer at forskere kan måle RNA-konsentrasjonen uten interferens fra DNA, og gjør systemet velegnet for RNA-seq, in vitro-transkripsjonsutbyttemåling, Northern blot-analyse, RNase-beskyttelsesanalyse, cDNA-bibliotekforberedelse og RT-PCR. Testresultater viser at QuantiFluor® RNA Select System og Konkurrent Q har sammenlignbar RNA-spesifisitet.

Stabilitet og add-and-read-format

QuantiFluor® RNA Select System er mer stabilt enn tilsvarende fargestoffprodukter. Arbeidsløsningen kan tilberedes og lagres i opptil én uke og benyttes i add-and-read-format, noe som forenkler arbeidsflyten betydelig. Ved testing av fryse-tine-stabilitet ved −20 °C frøs ikke QuantiFluor® RNA Select-fargestoffet, i motsetning til Konkurrent Q, som frøs. QuantiFluor® RNA Select System opprettholder nær 100 % renhet gjennom alle testsykluser, mens Konkurrent Q viser en jevn og målbar nedgang.

Sensitivitet, linearitet og dynamisk måleområde

QuantiFluor® RNA Select System påviser RNA ned til 1,6 ng/µl per analyse med Quantus™ Fluorometer, tilsvarende 10 µl startprøve. Deteksjonsgrensen er definert som mer enn tre standardavvik over bakgrunns-RFU. Grafen viser en representativ standardkurve generert fra ett 1,2 kb RNA-transkript i 96-brønnsformat. Analysens linearitet og dynamiske måleområde er demonstrert for et område på 1,6–100 ng/µl (10 µl i en 200 µl analyse), med R² = 0,9999.

Raskere enn qPCR, mer nøyaktig enn absorbans

QuantiFluor® RNA Select System gir resultater raskere og til lavere kostnad enn qPCR-baserte kvantifiseringsmetoder, og er samtidig mer nøyaktig enn UV-absorbansbaserte metoder. Absorbansbaserte løsninger som NanoDrop skiller ikke mellom intakt RNA, DNA-kontaminanter og frie nukleotider, noe som kan gi overestimering av faktisk RNA-konsentrasjon. Fluorescensbasert kvantifisering med et RNA-selektivt fargestoff gir konsentrasjonsestimater som er direkte representative for sekvensierbart materiale. Systemet er kompatibelt med høydgjennomstrømningsformater.

Se protokollen i praksis

Protokollvideo: QuantiFluor® RNA Select System — trinn-for-trinn gjennomgang av add-and-read-arbeidsflyt.

Instrumentkompatibilitet og automatiseringsvennlig format

Systemet er kompatibelt med mikroplatelesere og single-tube-fluorometre, inkludert Quantus™ Fluorometer, GloMax® Discover og GloMax® Explorer fra Promega, samt Qubit og Qubit Flex fra Thermo Fisher Scientific. Det standardiserte add-and-read-formatet gjør det enkelt å integrere i automatiserte pipetteringsplattformer og høydgjennomstrømningsarbeidsflyter.

Lagring og stabilitet

Kitet leveres og lagres ved romtemperatur, noe som eliminerer behovet for tørris under transport og reduserer energiforbruket ved lagring. Holdbarheten er over to år, og fargestoffet fryser ikke ved −20 °C, i motsetning til tilsvarende produkter fra andre leverandører. Arbeidsløsningen kan tilberedes ved starten av uken og brukes løpende i opptil syv dager uten at ytelsen forringes.