Next Generation Sequencing (NGS) har endret hvordan vi arbeider med DNA- og RNA-analyser. Ved å sekvensere millioner av fragmenter parallelt gir teknologien raskere, dypere og mer kostnadseffektiv innsikt enn tradisjonelle metoder. I dag er NGS en sentral del av kreftforskning, utredning av arvelige sykdommer, mikrobiologisk overvåkning og utvikling av presisjonsmedisin.
For å utnytte potensialet fullt ut er kvaliteten på prøveforberedelsen avgjørende. Standardiserte, effektive og reproduserbare workflows reduserer variasjon, sparer tid og sikrer robuste sekvenseringsdata - enten det gjelder forskning eller klinisk bruk.
NGS brukes i dag bredt innen kreftforskning, infeksjonsdiagnostikk, genetiske sykdommer og farmakogenomikk. Teknologien gjør det mulig å analysere mange mål samtidig, men den faktiske verdien avhenger av hvor godt arbeidsflyten er tilpasset laboratoriets behov og prosjektets krav.
I sin gjennomgang av hvordan laboratorier kan optimalisere NGS-arbeidsflyter, fremhever Beckman Coulter at nøkkelen ofte ligger i prøveforberedelsen. Når biblioteker bygges med konsistente prosesser og små volumer håndteres presist, reduseres variasjon og risiko for feil. Dette gir bedre datakvalitet og kortere tid fra prøve til resultat, spesielt når antall prøver øker eller prosessene blir mer standardiserte.
Effektivisering av arbeidsflyten handler særlig om disse aspektene:
Det praktiske resultatet er at laboratorier kan bruke mindre tid på repetitivt arbeid og mer tid på tolkning, metodeutvikling og kvalitetssikring. Samtidig blir det enklere å dokumentere prosessene, noe som er viktig både i forskning og i kliniske miljøer.
Les hele artikkelen her https://www.beckman.com/resources/technologies/next-generation-sequencing/importance-of-optimizing-your-ngs-workflow
Tidligere har automatisering av væskehåndtering ofte krevd betydelig plass og investering, noe som har gjort slike løsninger mindre tilgjengelige for små og mellomstore laboratorier. Med Biomek i3 har Beckman Coulter Life Sciences utviklet en mer kompakt løsning uten å kompromisse på funksjonalitet. Biomek i3 bygger på samme plattform og programvare som de større systemene i serien, Biomek i5 og i7. Den kompakte utformingen gjør det mulig å arbeide strukturert med protokoller, standardisering og automatisering også der plassen er begrenset. Biomek i3 senker dermed terskelen for å automatisere væskehåndtering og gjør det mulig for flere laboratorier å redusere manuell variasjon uten å investere i fullskala, helautomatiserte løsninger.
Biomek i3 er særlig relevant i applikasjoner der presis pipettering og høy repeterbarhet er avgjørende. Systemet egner seg blant annet til:
Håndtering av små volum i molekylærbiologiske protokoller
Fleksibel bruk med ulike kits, reagenser og metoder
Reduksjon av manuell pipettering og operatøravhengig variasjon
Mer standardisert og dokumenterbar oppsett i daglige rutiner
I en NGS-arbeidsflyt er det særlig bibliotekpreparering som avgjør kvaliteten på sluttdataene. Trinn som enzymatiske reaksjoner, bead-basert rensing, overføringer og PCR-oppsett krever presis håndtering av små volumer og konsekvent gjennomføring av repeterende steg. Små avvik i disse fasene kan gi skjev dekning, tap av materiale eller økt variabilitet mellom prøver – og dermed påvirke sekvenseringsresultatet direkte.
I denne konteksten kan en kompakt væskehåndteringsrobot bidra til mer konsistent bibliotekbygging og redusert operatøravhengig variasjon. Automatisert pipettering av små volumer gir bedre kontroll over kritiske trinn i workflowen og reduserer risikoen for manuelle feil.
Resultatet er mer stabile bibliotek, jevnere datakvalitet og en mer forutsigbar NGS-prosess – spesielt når antall prøver øker eller når arbeidsflyten skal standardiseres over tid.
Les mer om Biomek i3 her: https://www.beckman.com/landing/liquidhandling/biomek-i3-new-benchtop-liquid-handler
Selv om NGS instrumentet ofte får mest oppmerksomhet, er det gjerne trinnene før sekvensering som bestemmer tempo og kvalitet. Bibliotekpreparering, rensing, reaksjonsoppsett og prøveoppsett er områder der små avvik kan gi store utslag, særlig når volumene er lave og prosedyrene komplekse.
Biomek i3 er utviklet nettopp for slike arbeidsprosesser. Systemet egner seg til NGS-metoder som krever:
Presist oppsett av PCR- og enzymatiske reaksjoner
Reproduserbar håndtering av små volum
Standardiserbare rensetrinn og overføringer
Små til mellomstore prøveserier med behov for fleksibilitet
Ved å redusere manuell pipettering og operatøravhengig variasjon kan instrumentet bidra til mer konsistent bibliotekkvalitet og bedre flyt i arbeidsprosessen.Det er samtidig viktig å være tydelig på begrensningene. Biomek i3 er utviklet for små til mellomstore arbeidsmengder og fleksible oppsett.
For laboratorier som trenger høygradig parallell normalisering, omfattende platehåndtering eller store batcher, vil større systemer som Biomek i5 eller Biomek i7 være bedre egnet. Disse løsningene er dimensjonert for høyere throughput og mer omfattende integrasjon.
For laboratorier som ønsker å redusere manuelle flaskehalser i bibliotekpreparering – uten å gå direkte til fullskala automasjon – representerer Biomek i3 et mellomnivå: kompakt format, etablert programvareplattform og mulighet for strukturert standardisering av kritiske trinn.
NGS er en kraftig teknologi, men verdien realiseres først når arbeidsflyten rundt prøveforberedelse er robust, repeterbar og effektiv. Beckman Coulter peker på at automatisering og standardisering kan gi både høyere kvalitet og raskere gjennomføring, særlig i trinnene før sekvensering der mye av variasjonen oppstår.
Biomek i3 passer naturlig inn i dette bildet som en benkemontert løsning for småvolums prosesser og fleksible protokoller, og kan bidra til at flere laboratorier kan automatisere bibliotekpreparering og relaterte trinn. Når instrumentet brukes riktig til passende oppgaver, kan det redusere hands on tid og gi mer stabile resultater, samtidig som laboratoriet beholder kontrollen over metodevalg og arbeidsflyt.
Beckman Coulter Life Sciences