Full-lengde amplifisering av 16S-genet på under 20 minutter – med NextGenPCR® 16S Full Gene Amplification Kit

For forskere som arbeider med taksonomisk karakterisering, mikrobiomstudier og artsidentifisering, er full-lengde amplifisering av 16S rRNA-genet (1.500 bp) en ettertraktet, men tidkrevende prosess. Den nyeste applikasjonsbeskrivelsen fra NextGenPCR® viser hvordan deres 16S Full Gene Amplification Kit gir en banebrytende løsning på dette – med amplifiseringstid på under 20 minutter, uten å gå på bekostning av presisjon eller kvalitet.

Rask og komplett 16S-forsterkning – ideelt for sekvensering


NextGenPCR® har utviklet et spesialtilpasset PCR-kit med høyt optimaliserte primere og polymerase, designet for å forsterke hele 16S rRNA-genet i ett enkelt PCR-produkt. Dette gir store fordeler sammenlignet med metoder som baserer seg på amplifisering av hypervariable regioner (som V3–V4), hvor man ofte går glipp av viktig sekvensinformasjon.

Hele protokollen er tilpasset NextGenPCR®-plattformen, som utnytter en unik, temperaturstabilisert PCR-teknologi for å oppnå ekstremt raske sykluser. Resultatet er at man kan oppnå pålitelig forsterkning av hele 16S-genet – på under 20 minutter.

Enkelt oppsett og høy reproduserbarhet


Kitet krever minimal prøveforberedelse og kan benyttes med gDNA ekstrahert fra ulike bakterielle arter. I applikasjonsnoten vises dette gjennom vellykket amplifisering fra prøver som Escherichia coli, Salmonella enterica, Pseudomonas aeruginosa og Listeria monocytogenes. I hvert tilfelle ga protokollen ett enkelt, klart PCR-produkt med forventet størrelse på 1.500 bp, verifisert ved agargel-elektroforese.

Kvaliteten på PCR-produktet gjør det godt egnet til både tradisjonell Sanger-sekvensering og moderne long-read sekvenseringsplattformer (som Oxford Nanopore Technologies og PacBio), hvor full-lengde 16S-sekvenser gir betydelig bedre taksonomisk oppløsning.

Applikasjonsområder


Dette kitet passer spesielt godt for forskningsmiljøer som:

  • jobber med miljø-DNA (eDNA) og metagenomiske studier
  • trenger artsidentifisering av bakterier i mat, vann, jord eller kliniske prøver
  • ønsker full-lengde 16S-data for fylogenetisk analyse
  • benytter long-read sekvenseringsteknologi for taksonomisk klassifisering

Ved å bruke ett enkelt PCR-produkt for hele 16S-rRNA-genet unngår man behovet for flere overlappende amplifikasjoner, noe som forenkler nedstrøms arbeidsflyt og reduserer feilmarginen.

Leverandør: NextGenPCR®


Vi er stolte forhandler av NextGenPCR® – en innovativ aktør innen PCR-teknologi og ultraraske amplifikasjonsløsninger. Deres plattform revolusjonerer måten man tenker på termisk sykling og gir forskere muligheten til å akselerere arbeidsflyten uten å gå på akkord med nøyaktighet og reproduserbarhet.

Ta kontakt med oss dersom du ønsker mer informasjon, en demonstrasjon eller et tilbud på NextGenPCR®-systemer og 16S Full Gene Amplification Kit.

Du kan lese hele den tekniske applikasjonsbeskrivelsen fra produsenten her:
 

Last ned applikasjonsnotat her